漫留华表语：我的“青葱”博士生涯

本文为CNCP（中国计算蛋白质组学）邀稿，回顾五年博士生涯。

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序

答辩后，在海量的斧正中，被贺老师和常老师安排了自我“主成分分析”的“课题”。身为竞赛、高考一路上来的“做题家”，本当是对“写作业”手拿把掐——没想到，回顾往事不止“不堪入目”，简直是“惨不忍睹”。还得感谢唐淳老师一路以来的“纵容”和时代浪潮的托举，才摸爬滚打到了今天这个地步。

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少年游：疫情改变的轨迹

在进入唐老师课题组前，我对生物可以说是完全“一无所知”。高中阶段，我三年都投入了化学竞赛，但终究还是通过高考才得以进入北大；入学时发奋图强，考进了年级前五，然后飘了，毕竟竞赛的时候总隐隐觉得化学和生物是下游学科（那时候还是“四大天坑”），物理、数学、计算机才是“人上人”，于是辅修了物理，结果险些不及格——最后还是勉勉强强拿到了辅修证。回看当时的“中二发言”，真恨不得把头埋在地里。

沿着故辙，我也应该和绝大多数前辈一样，出国实习，然后找一个国外的课题组读博——然后，2019年的冬天，一切都改变了。

被疫情困在家中是烦闷的。连小我20岁的弟弟都能正常上幼儿园，而陪伴我的只有一小方液晶屏。游戏很快就玩腻了。于是一个完全不懂代码的人，居然从头开始学起了服务器运维——那是为数不多、居家可以流畅学习的内容。动力很简单，就是玩游戏，不过还可以改游戏，甚至自己写游戏。那时候响应国家号召，各大服务商给学生免费送云服务器，这就是我的启蒙了。

我父亲、爷爷都做过厂里的工程师，也许是血脉觉醒，我发自内心地感到快乐。很快，我做的就不止于游戏了。那时候也还没有大语言模型，我从早到晚地上网搜索、看视频和文档，学习怎么使用git部署仓库，然后写文档总结成果。如今看来，要花一整天学这种“1+1=2”的粗浅功夫，可真是没眼看，但那时学习的快乐是真真切切的。

返校，毕业设计我特地加了点单片机和机器人控制的工程实现，课题没要求，内容也很糙，但那是我最享受的部分。

毕业前夕，刚到化院不久的唐淳老师邀请我去他的实验室。看到我的个人主页（http://jiangyida.top）唐老师很欣喜，说实验室正缺一个运维，而且有不少仪器需要人维护，我过去就能有活干。于是我也没多想，马上答应。以一个“工程运维”的身份，我就高高兴兴地跳进了“生物学”的“大坑”。零基础，还进入我最“不齿”的“生物学”领域，回过头来真是想也不敢想。

当然零基础这事儿很快也就暴露了，我在唐老师的《生物物理化学》课程上两眼一抹黑，让唐老师的白头发又多了几根。

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采桑子：为赋新词强说愁

博士研究生自然要学着怎么做研究，可我一知半解、一头雾水、一问三不知，也是没辙。唐老师只能先给我几篇相关文献，找找感觉。

也许是“做题家”本能发作，还真给我找着了古怪：Juri Rappsilber（Anal. Chem. 2019） 和 Sinz （Anal. Chem. 2018）都用BSA和SDA做过光交联，可我怎么比，都觉得二者的结果对不上；后来找到了Woo (J. Am. Chem. Soc. 2021) 对烷基二氮丙啶（diazirine）的反应机理解释，又隐隐觉得其中有些古怪，细节没说清楚。冥思苦想之下，化学直觉告诉我是现有的光反应机理没弄明白，里面的光条件对结果有影响；问了几个同学，都觉得我的解释说得通。于是就请教了当时给我上课的王初老师，王初给我推荐了同级的刘亦成，让我了解光反应质谱的实验技术。看到紫外光反应箱后，我意识到这玩意儿很“非标”，不同实验室间的光条件应该是大不相同的。

接下来就是验证。我首先调研文献，预测几个可能的光反应机理及他们对不同光条件的相应行为，然后用岛津三重四极杆质谱做表征。因为整个领域对我几乎是全新的，分析实验这块出了不少洋相，还好疫情期间用的人特别少，我可以7×24地试错（这般宽裕的机时如今完全不敢想）。一开始的数据特别差，实验室内只有我坚定相信结果是阳性的，不过唐老师还是“纵容”我继续试错。后来，终于有一次，碰到了分析平台的聂洪港老师。聂老师看了几眼就指出了我过去实验中的多个重大疏漏，然后指导我采用在线实验的连续测量方法以增大通量、减小误差，并帮忙搞定了在线装置的关键部件。于是整个实验“驴车改火箭”，瞬间“一飞冲天”了。

模型试验验证完毕，剩下的就是大通量地跑批次实验，在全部模式肽段上获取光反应质谱数据。没想到，我的工程技能真起了作用，我自己攒了一整套自动化分析系统，单片机做总控，零件3D建模打印，光源定制，摄像机远程控制……系统设计完毕后组装一次成功，整个实验瞬间就成了。回想起来，之前做的大半年实验简直“毫无意义”，自动化系统两三天就能跑人工三年五载的数据了，效果还更好，不含操作误差。回头来看，这套装置也没啥技术难点，但还真没这样的商品化设备，在线监测光反应动力学的文章也鲜有报道。于是给它申请了专利（CN 222482167 U）。可惜我的这套“得意之作”不但没再能找到其它发挥场景，而且最后连正文的主图都没上，但山穷水尽又柳暗花明的醍醐味，至今还是难以忘怀。

数据都拿到了，难的是分析。光反应的物理化学方程推导和拟合，简直是化学竞赛中的化学竞赛，让我一瞬间又梦回高中做题现场，只是这次连参考答案都没有。推了一周公式，终是找到了数学解。想不到，辅修的物理这时真的有用！只是这堆晦涩难懂的公式后来也只能被塞进SI雪藏，再也没有拿出手的机会了。

核心实验和分析做完了，天真的我以为大功告成，毕业指日可待。没想到，写文章才是真正的难关：“欲说还休、欲说还休，却道天凉好个秋！”且不说初稿的主体内容鸡同鸭讲、不知所谓，英文转译更是佶屈聱牙、狗屁不通，很难想象唐老师读到时的心情状态。总之，唐老师以“物理化学公式部分需要好好研究”为由，花了大半年，给我的文章来了几遍大改；后来又得到董梦秋老师点拨。一百多版后，我的初稿几乎一字不剩，投稿几经波折，终于发表在了 Nat. Commun. 上（10.1038/s41467-024-50315-y）。

文章发表后，同学微信告诉我别的导师在课题组里阅读并高度评价了我的文章，内心还是有些窃喜。思来想去，其实功不在我，主要还是“天时、地利、人和”，缺一不可。况且我最得意、最用功、最喜欢的部分，反而都不在正文；想要解决既有的技术问题，最终却是发现了更多问题。“文章本天成，妙手偶得之。粹然无疵瑕，岂复须人为”，我这百转千回才拗出来的“首秀”，写作和研究水平还差得远呢。

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浪淘沙：今年花胜去年红

第一份工作管中窥豹，用模式体系给出了明确的光反应动力学参数和残基偏好性，但终究还是呆在自己的舒适圈里，没有勇气去挑战太复杂的问题。靠着文章去各种校内、校外做了几场学术报告，清晰地认识到了先前工作粗看璞玉韬光，实则顽石一块，还需要太多的打磨，才能焕发光彩。

首先是国家奖学金的答辩会，有老师专门指出，我先前使用的交联剂如SDA，仍然有至少一端需要通过生化反应固定到蛋白质上，本质上还是一种化学交联，最多算作单端光反应；如果我要体现光交联的优点（时空分辨率高于化学反应、可以原位诱发等），那就必须要做“真正的光交联”，使用双端反应基团都是光反应的交联剂。当时的我回答不上来，答辩以一名之差遗憾落选。好在中央提出增加国家奖学金名额，真让我“候补”到了奖学金。

其次是国自然青年研究基金（博士生项目）的申请过程中，院内的评委老师们直接指出了我的生物学实践不足，没有“讲好故事”。多次增删后，有幸赴昌平答辩。会场像风雨欲来前的水面，无比平静却又躁动满溢。熬到我时，原本坐满数百人的等候厅已空空如也，我是最后几位。专家们兴许也都饿了，很平和地听完我的报告，然后重点问了问我对项目（尤其是应用层面）的理解和思考，就提前结束了答辩环节。一周后收到消息，我入选了。

既然拿到了项目，肯定不敢怠慢。和唐老师讨论了下，我逐渐意识到现有光交联实验是在沿着化学交联的轨道行进，这肯定是一条“不适配”的轨道，纵使大家意识到情况如此，也难以去“脱轨”找一条新方向。想要仔细审视光交联和化学交联技术的交叉与分歧点，涉及到的技术细节又太多，绝对不是我一个人能够解决的。建立基于双端光反应交联剂的新方法，在热门的蛋白质自聚集体系中找新现象、新结果，可能是迭代光交联技术方案的切入点。

双端光交联剂在合成上算不上很困难，我猜想还是因为光反应质谱的分析难度较高，前人未能成功。事实也果真如此：研究初期，数据分析屡屡碰壁。有一段时间，我几乎是天天骚扰维护pLink3的毛鹏志，也得亏鹏志不厌其烦，给我仔细答疑解难，很快让我找到了光交联和化学交联的一个重要分歧点：烷基二氮丙啶光反应位点的天然可断裂性。SDA和LC-SDA等常用光交联剂都有1-羰基-4-二氮丙啶的结构，这使得其容易形成分子内五元环的中间过渡态，既有利于重氮的离去，也能够作为逆反应在质谱内离去极性官能团，产生侧链断裂。这意味着过去光交联的海量“噪音”实质上是侧链断裂后的“信号”，而pLink3支持将其纳入搜索空间之中。这意味着，光交联是“天然可断裂”的，额外引入可断裂官能团（例如 Stephen D. Fried, Anal. Chem. 2023）并非必需。随后，我根据光交联的侧链断裂特征，改进了光交联的搜索工作流，很快就实现了双端光交联数据的成功解析。

应用层面，我对生物实验依然所学甚少，不得不寻求外部的帮助。在唐老师的牵线搭桥下，我在中国科学技术大学黄成栋教授课题组惠赠的重组纯化的HSP90β体系中取得了可观的结果，并经师母介绍，在浙江大学医学院实验室内，由梁富翔师兄协助完成了HSP90的原位光交联和免疫共沉淀，相关成果近期发在了Nat. Commun.上（10.1038/s41467-026-73272-0）；再者，唐老师还引荐了清华大学的李艳梅老师，我跟着赵甜博士进行了TDP-43的光交联实验，收获了令人惊喜的结果。另外，计算、模拟部分也得到同组赵润涛师弟的股肱协力。不由再次感慨学海无涯，和我之渺小。

在实践中，我发现光交联是大异于化学交联的，而且的确能解决部分体系的特殊需求（如不含Cys、Lys、Arg的蛋白质序列、需要时空分辨的动态系统等），给了我不少信心。可真要和化学交联“脱轨”，新问题远比我已解决的问题多得多得多。回过头去，弯弯曲曲的来时路真是惨不忍睹。好在是“光反应”，前途是光明的。思来想去，还是决定接着干，申请了博雅博后，继续做“首吃螃蟹”的“愚者”；把唐老师的白头发，转移几根到我自己头上。

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定风波：竹杖芒鞋轻胜马

不过，博士五年的收获，远不止是科研。虽说无非每日办公室-户外-宿舍的三点一线，不过户外是我过去五年不可割舍的一部分。

我的兴趣源于中学。高三的时候，为数不多的快乐就是牺牲宝贵的睡眠时间（毕竟周末也是要备考的），每周五晚上和舍友去环西湖。刚到北京的时候，还是雾霾连天、沙暴蔽日，课程外也没有多少余裕；直到博士研究生阶段，疫情的束缚加上天气的变化，让我又拾起了户外的爱好。

很多对课题的思考，都是在北京的暮风中产生的。一开始是借同学的山地车骑行，后来“长借不还”，再往后就干脆自己买了一辆千元的入门级公路车。唐老师听说了我骑行的嗜好，专门带我去房中鉴赏了他从美国肉身扛回来的“名驹”，然后赠送了我一个头盔，以保护我“重要的大脑”。于是这顶头盔见证了我从香山、西山、京密引水渠的训练，到后来的戒台寺、妙峰山、密云、天津的一日往返，真切地感受到了社会主义的伟大基础设施建设。每当课题行进到最烦闷的时候，骑行总可以给我找到一个情绪和理智的出口。顺着这个契机，唐老师又给了我一个非比寻常的机会。

2025年，唐老师邀请美国科学院院士Martin Gruebele作报告。Martin Gruebele教授还是一个“铁人”，当时已经完成了22场铁人三项赛、一场艰苦卓绝的恶水超级马拉松以及横跨美国马拉松，并在多个赛事中取得冠军。时隔17年来华，他特别提出想再去一次长城，还要“再次”骑车去——于是这个陪同任务就落在了我头上。不出意料地，我被院士狠狠拉爆了，不过Martin Gruebele真的超级nice，不但给我破风，还给我讲17年前这路是如何不平的石子路，如今已经是条条通衢；又给我分享铁人运动的经验、做科研的趣事；还谈做人、成家、立业的道理。在我气喘吁吁地返回后，Martin Gruebele还精神满满，要去中科院再做两场报告。大丈夫当如是也！从此以后，我心里就多了一个偶像。

那之后，我先后挑战了琵琶湖、东钱湖、千岛湖、太湖环线；也尝试了徒步、越野。汤汤川流，悠悠天地，万水千山，吾亦可及。大半年后，我给Martin Gruebele邮件汇报了我在锻炼上的成果，院士的回信除了赞许，也感慨岁月不饶人。

正是前人破风的背影，激励着后进追迹而上。

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尾声

毕业最精神的事是答辩，总时长达3小时20分钟，虚脱。结束的时候多少有些寂寞，感觉像是被落在天空中的雏鸟，得学着自己飞了。

毕业采访，每个人都要说一个关键字。听到同学们的“收获”“惊喜”“疲惫”“青春”等词语，我的第一反应却是“成长”。每每回看上一阶段的总结，都不忍卒读；但也是每个阶段总结后，就发现新的突破。俗话说“母不嫌子丑”，看着自己和课题一点点成长起来，很充实。

采访人问，那会有遗憾吗？如果我高中没有选择化学竞赛，如果我没有被疫情改变轨迹，如果我遇到的不是唐淳老师，我又会过上怎样的人生？无从想象，但不遗憾。

那对今后的期望呢？看不真切。只是觉得户外运动必须要坚持，只有亲身己力到达目的地才行。读到CNCP文集里一个个熟悉的名字，又觉得传说故事也并不遥远。

最后，照理是毕业祝福环节。各奔东西，想起九年前和五年前的散场，一阵恍惚。兰亭已矣，梓泽丘墟。当怆然而涕下，但做不到。

马滑霜浓，不如休去，直是少人行。可终究还是要出发。

再次感谢贺老师和常老师的邀请，在这个特别的时间，留下了一份微不足道的纪念。童子何知，躬逢胜饯；前程浩浩，聊以为记。